在人体的毛囊皮脂腺中常住有三组微生物，即痤疮丙酸杆菌、白色葡萄球菌、卵圆形糠秕孢子菌。这三种微生物具有分解脂肪，产生游离脂肪酸等多种生物功能，其中又以痤疮丙酸杆菌较为重要。

痤疮丙酸杆菌是毛囊皮脂腺内一种革兰阴性的厌氧菌，在中性环境中生长较快，当pH≤5或pH≥8时则会受到抑制。它主要依赖于毛囊中的皮脂特别是甘油三酯作为营养，喜欢在皮脂丰富的环境中繁殖。

儿童时期的痤疮丙酸杆菌很少，青春期后随着皮脂量的增多，痤疮丙酸杆菌也会因此大量繁殖。它能够分解皮脂产生脂质酶、蛋白酶、透明质酸酶及炎性因子。其中脂质酶能将毛囊漏斗部的甘油三酯代谢为游离脂肪酸，刺激毛囊引起炎症，致使毛囊壁损伤破裂，进而导致剥脱的角化上皮细胞、皮脂和皮脂中的游离脂肪酸以及痤疮丙酸杆菌等逸入真皮中，从而产生以毛囊周围为主的深部炎症，引起痤疮。痤疮丙酸杆菌还可以作为一种超抗原引起免疫反应，从而引起痤疮。

此外，痤疮的严重程度也可能和痤疮丙酸杆菌的增殖等因素有关。