甲真菌病经过较好的治疗后，一般不会复发，但应预防再度感染，趾甲癣的再感染率较指甲高，造成再度感染的因素大致有以下几个方面。

1.致病菌耐药：近年来真菌感染的发病率急剧增加，就像细菌对抗生素产生耐药性一样，随着抗真菌药物应用日益广泛，耐药菌株也会出现。

2.再感染：甲真菌病治疗，但没有同时治疗手足癣，导致指(趾)甲再度被感染，是造成甲癣复发的重要因素。

3.治疗不足：部分患者，在指(趾)甲即将恢复正常形态时，即认为较好治疗，便停止了用药，并未完成治疗，也会产生重新感染。在一项临床研究中，只有52%的患者在医生的指导下完成了口服药物治疗，25%的患者认为已治疗而自行停止药物治疗。患者的依从性不佳又与甲真菌病治疗疗程较长、费用偏高和对其危害性缺乏了解有一定关系。

4.甲营养不良：因患有其他疾病等原因，引起甲营养不良，使甲板自身防御真菌的能力下降且甲生长速度缓慢，而使指(趾)甲重新感染。

5.基础疾病：糖尿病、免疫力低下、老年人等人群均为甲真菌病的多发群体，容易再次感染。

6.外伤：再次外伤引起致病真菌侵入甲板重新感染，这种情况也不少。

7.化学物质刺激：长期接触汽油、油漆、洗涤剂和强碱性肥皂等物质，改变了正常皮肤甲板表面的酸碱度和防御能力，而导致重新感染。

8.药物吸收差：对某些特殊的病例，比如病甲腔隙的出现(常表现为白色或黄色的条纹)可使皮肤癣菌在甲内过度生长或导致甲床角质的海绵样变性，从而使腔隙内含有成团的坏死角质和大量菌丝，药物无法弥散进入这些菌丝团中，导致治疗失败。这种情况下应采用外科拔甲或40%尿素封包除甲联用口服药物治疗效果较好。

9.药物的相互作用：比较而言，药物之间的相互作用对甲真菌病疗效影响相对较少。主要表现在肝药酶诱导剂(如利福平等)可加快特比萘酚的血浆清除，使血药浓度降低，肝药酶抑制剂(如西咪替丁等)可抑制特比萘酚的血浆清除，使血药浓度升高。因此，在合并使用这些药物时，应适当调整药物的剂量，使其处在的血药浓度的范围内。